联合国健康产业基金会（UNHIF）组织机构由理事会、董事会、顾委会、主席团、执委会、秘书处及若干常设职能部门等组成，使得联合国健康产业基金会形成一个职能分工与协作合理有序的强大管理运作体系，负责开展各项工作事务，行使应有的职能，以践行联合国健康产业基金会的宗旨、理念和使命。

理事会是联合国健康产业基金会（UNHIF）的最高权力机构，由基金会高、中、基层三级代表组成，每年1月在总部召开理事大会（年会）一次。主要任务是审议主席及总裁的工作报告、发展计划、投资预案、财务预算案等重要议题。

董事会是联合国健康产业基金会（UNHIF）的最高决策机构，由25名董事成员即股东组成。每年定期（年底）召开一次全体董事会议，全体股东参加，讨论部署联合国健康产业基金会（UNHIF）的一系列重大决议与事项。若遇特殊情况可召开临时董事会议，以商对策。

顾委会全称为顾问委员会，是联合国健康产业基金会（UNHIF）的最高智囊机构。主要职能是为联合国健康产业基金会总体工作及董事会、主席团、执委会的工作提出建设性意见和重要建议，定期提供顾问咨询、决策参谋及解决方案。

主席团是联合国健康产业基金会（UNHIF）的最高执行机构，行使董事会委托的一切权力，执行董事会决议，负责日常管理工作。主席团由轮值主席、多位名誉主席、1位执行主席及9位执行副主席组成，任职期五年，可连任。以主席团为核心的执委会下设区域委员会、专业委员会和办公厅。

秘书处为联合国健康产业基金会常设办事机构，由董事会任命的秘书长主持日常工作。下设若干职能司负责有关日常秘书类工作，包括秘书长办公室、会议事务司、语言及翻译司、接待服务司、文秘礼宾司。秘书处是联合国健康产业基金会承上启下的一个重要日常事务机构，专为联合国健康产业基金会其它所有机构服务。

区域委员会是联合国健康产业基金会的二级驻地办事机构，设有亚洲司、欧洲司、美洲司、非洲司、大洋洲司五个二级驻地办事机构，各司再设多个三级驻地代表处，如驻中国代表处、英国代表处等，负责各驻地的日常工作事务。

专业委员会是联合国健康产业基金会（UNHIF）的二级执行机构之一，共设有19个专业委员会，包括基金管理委员会、会员会费委员会、捐赠委员会、金融委员会、孵化委员会、项目委员会、会展委员会、专家委员会、健康救助委员会、健康科技委员会、健康投资委员会、健康管理委员会、健康食品委员会、医疗医药委员会、中医药委员会、儿童健康委员会、健康养老委员会、健康运动委员会、健康环境委员会等，各自负责其日常具体工作事务。

办公厅是联合国健康产业基金会（UNHIF）的二级办事机构之一，隶属于执委会直接管理。主要负责联合国健康产业基金会的一切办公事务，下设行政管理局、预算财务局、监察审计局、新闻发言局、对外联络局等五个职能局。